Lo stesso Dante dichiarava il suo "bel San Giovanni" (Inferno, canto XIX) edificio romano e classico e in effetti gli scavi dell'ultimo secolo hanno rivelato resti di costruzioni romane sotto il Battistero e sotto il Duomo, sorti nell'area nord-est della prima cerchia di mura. Su queste basi antiche andò certo a poggiare la fondazione del primo San Giovanni, che si può collocare nel IV-V secolo.
Alla costruzione paleocristiana, forse rimaneggiata o completata nei primi decenni del VII secolo durante la dominazione longobarda, appartengono l'impostazione ottagonale, i due ordini inferiori, l'attico e l'imposta della cupola, ovvero la struttura architettonica vera e propria.
La chiesa di San Giovanni entra ufficialmente nella storia il 4 marzo 897, quando il conte palatino Amedeo, inviato dell'Imperatore, siede sotto il portico davanti alla "basilica di San Giovanni Battista" per amministrare la giustizia. In questa data, evidentemente, la chiesa svolgeva funzioni di cattedrale al posto di Santa Reparata. La seconda data storica è quella del 6 novembre 1059, quando il pontefice fiorentino Niccolò II, appena eletto, riconsacra la basilica, che risulta di nuovo sede vescovile. Questa riconsacrazione presuppone che il tempio sia stato trasformato radicalmente, o forse ricostruito. Di certo fu completata la cupola a otto spicchi, mentre sul lato ovest si collocava un'abside semicircolare per ospitare l'altare: sugli altri lati si aprivano le tre porte. Nel 1113 la chiesa accoglie la sepoltura del vescovo Ranieri. |